Kikou, una amenaza previamente conocida aparece y ataca a la humanidad, dejando a muchas ciudades completamente destruidas y a la humanidad en un gran dilema. Sin embargo, se ha descubierto un Kikou en Japón, y se estableció una instalación de investigación, para averiguar cómo usar un Kikou como un arma y de esta manera poner a un Kikou luchar contra otros. Esta es la única esperanza de la humanidad.

Nueve años después.

Muttsu, así como llaman al Kikou que descubrieron y que repararon, estará pronto listo para su primera batalla. Los dos pilotos escogidos para dicha tarea son: Rin Sagami, un hombre joven, y Yuzuru Midou, una mujer joven. Ambos deberán enfrentar su misión con valentía, mientras cargan en sus hombros la última esperanza del futuro de la humanidad.

Lo que les espera es un destino muy cruel...